7 июля 1941 года 11-я танковая дивизия немцев достигла Бердичева и в 19:00 по местному времени первые немецкие танки появились на улицах города. 8 июля 1941 года Бердичев был занят немцами полностью.

Своевременная эвакуация жителей проведена не была, местные органы власти не сумели ничего предпринять. Это можно объяснить тем, что сводки Информбюро о передвижении немецких войск сильно отставали от реальности (например, в тот момент, когда немцами была захвачена Шепетовка (4 июля 1941), Совинформбюро сообщало, что немецкие войска продвигаются по Луцкому направлению).[1]

Во время оккупации гитлеровцами в городе был устроен лагерь смерти, где зверски было расстреляно 38 536[2] проживавших в городе евреев — в основном женщин, детей, стариков. Кроме того на каторжные работы в Германию было вывезено 11,5 тысяч жителей города.

С августа 1941 года в Бердичеве действовало несколько подпольных коммунистических организаций. Значительную работу проводила подпольная патриотическая группа железнодорожников в составе 50 человек, возглавляемая коммунистом А. Р. Яворским. Она занималась порчей паровозов и вагонов, портила путевое хозяйство, имела небольшую подпольную типографию, в которой печатала антифашистские листовки.[1]

В январе 1942 года гестаповцы провели на ж/д станции Бердичева массовые аресты, в ходе которых были арестованы и члены подпольной группы. А. Р. Яворский сумел избежать ареста и присоединиться к группе партизан под командованием О. М. Сабурова, и в ходе одного из боёв погиб.[1]

Кроме того диверсионные операции на ж/д станции проводила другая группа в составе В. Ю. Завадского, А. Л. Щолкина, С. Л. Луженецкого, Я. А. Нокель. В феврале 1943 года все участник были арестованы и расстреляны гестаповцами.[1]

Другая подпольная группа действовала на конфетной фабрике. Она вкладывала взрывчатку в пачки конфет, которые изготовлялись для оккупантов. 8 членов группы были обнаружены, арестованы и пропали бесследно.[1]