Источником водоснабжения г. Марганец является Каховское водохранилище. Забор свежей воды производится с помощью водозаборных сооружений, принадлежащих ПУВКХ г. Марганец. В 1996 году забрано из водохранилища 14420 тыс. куб. м. свежей воды, очищено до питьевого качества — 13920 тыс. куб. м.

Очистные сооружения биологической очистки также эсплуатирует ПУВКХа. Сброс сточных вод осуществляется в реку Томаковка. В 1996 году сброшено 5430 тыс. куб. м. недостаточно-очищенных сточных вод. Очистные сооружения биологической очистки введены в эксплуатацию в 1979 году.